口袋妖怪漆黑的魅影正版采用了第四代口袋妖怪系列游戏的基本机制，玩家将扮演一个口袋妖怪训练家，在游戏世界中与各种野外口袋妖怪进行战斗、收集和训练。玩家需要在游戏中挑战各个道馆的馆主和最终四人组，最终成为口袋妖怪大师。在这个过程中，玩家还需要处理自己的口袋妖怪队伍，让他们保持健康和高水平，并与其他训练家进行交流和交战。
它包括两个新的地区——锡安和黄金道路。锡安是一个科技城市，拥有先进的科技和设施，而黄金道路则是一个荒野地区，拥有各种各样的口袋妖怪。在这些新地区中，玩家可以发现新的口袋妖怪、训练场所和隐藏的道具等。
口袋妖怪漆黑的魅影正版引入了一些新的游戏特性，例如Poketch，这是一个小型计算器和时间表，可以在游戏中方便地查看时间、地图和口袋妖怪的状态等信息。另一个新特性是Poké Radar，可以用来寻找在野外出现的特定口袋妖怪，玩家可以使用这个特性来提高他们的收集和训练能力。
